V čele VLČR (a předtím NVLČs) se již vystřídalo 21 Velmistrů:

První republika
1919 – 1923       Josef Svatopluk Machar *)
1923 – 1924       Jaroslav Kvapil
1924 – 1925       Bohumil Němec
1925 – 1926       Emil Svoboda
1926 – 1930       Ladislav Syllaba
1930 – 1931       Ladislav Tichý
1931 – 1937       Karel Weigner
1937 – 1938       Václav Hora

V exilu
1940 – 1945       Vladimír Klecanda

Poválečné intermezzo
1947 – 1951       Bohumil Vančura

Po obnovení
1990 – 1992       Jiří Syllaba
1992 – 1997       Čestmír Barta
1997 – 1999+     Robert J. Jeřábek **)
1999 – 2004       Pavel Šebek
2004 – 2007       Petr Jirounek
2007 – 2010       Hynek Beran
2010 – 2013       Jan Brousek
2013 – 2015       Jacques Huyghebaert
2015 – 2018       Pavel E. J. Gergel
2018 – 2021       Miloš Hošek
2021 –               Petr Komárek

*) Nebyla to ještě NVLČs, ale její předchůdkyně – první pokus o založení československé Veliké Lóže. V roce 1923 se z určitých dobových důvodů ukázala nutnost ji zrušit a založit obedienci novou.
**) Po jeho předčasném úmrtí vedl VLČR po nezbytnou dobu „ex offo“ Vladimír Grégr.

Velmistři bývalého Velikého Orientu Českého
1993 – 1995       Jiří Matouš
1995 – 1996       Josef J.
1996 – 1997       Jaromír Dvořák
1997 – 2000       Miroslav Krůta
2001 – 2002       Vladimír Novotný
2002 – 2005       Jiří Horňáček
2005 – 2008       Václav Bidlo