V čele VLČR (a předtím NVLČs) se již vystřídalo 20 Velmistrů:

První republika                                                       
1919 – 1923       Josef Svatopluk Machar *)
1923 – 1924       Jaroslav Kvapil
1924 – 1925       Bohumil Němec
1925 – 1926       Emil Svoboda
1926 – 1930       Ladislav Syllaba
1930 – 1931       Ladislav Tichý
1931 – 1937       Karel Weigner
1937 – 1938       Václav Hora

V exilu

1940 – 1945       Vladimír Klecanda

Poválečné intermezzo

1947 – 1951       Bohumil Vančura

Po obnovení
1990 – 1992      Jiří Syllaba
1992 – 1997      Čestmír Barta
1997 – 1999+    Robert J. Jeřábek **)
1999 – 2004      Pavel Šebek
2004 – 2007      Petr Jirounek
2007 – 2010      Hynek Beran
2010 – 2013      Jan Brousek
2013 – 2015      Jacques Huyghebaert
2015 – 2018      Pavel E. J. Gergel
2018 –                Miloš Hošek

*) Nebyla to ještě NVLČs, ale její předchůdkyně – první pokus o založení československé Veliké Lóže. V roce 1923 se z určitých dobových důvodů ukázala nutnost ji zrušit a založit obedienci novou.
**) Po jeho předčasném úmrtí vedl VLČR po nezbytnou dobu „ex offo“ Vladimír Grégr.

Velmistři bývalého Velikého Orientu Českého
1993 – 1995      Jiří Matouš
1995 – 1996      Josef J.
1996 – 1997      Jaromír Dvořák
1997 – 2000      Miroslav Krůta
2001 – 2002      Vladimír Novotný
2002 – 2005      Jiří Horňáček
2005 – 2008      Václav Bidlo